После того, как вы загрузили выписки из клиент-банка, необходимо проверить платежные поручения, которые были созданы автоматически на основе выписок.
- В разделе «Учет/Деньги/Банк» на вкладке «Платежи» в фильтре
установите период, за который были загружены выписки. На панели быстро фильтра убедитесь, что выбран параметр «Приход и расход» по всем операциям. 
- Проверьте тип операции. При загрузке платежей из выписки СБИС определяет его автоматически по ключевым словам из назначения платежа. Если они отсутствуют, система укажет тот тип операции, который стоит первым в списке исходящих и входящих платежей конфигурации раздела «Банк». По умолчанию это «Оплата поставщику» для исходящих платежей и «Оплата от покупателя» для входящих. Если чаще всего используете другой тип операции, переместите его наверх списка.
Система формирует проводки исходя из типа операции. Измените регламент вручную, если он определился неверно.
Проверьте, что платежное поручение связано с выпиской из банка и со счетом.
- Если у вас не настроено автоматическое проведение платежей при загрузке, проведите платежные документы.