Для настройки основных параметров учета зарплаты в СБИС предусмотрен мастер начала работы. Чтобы добавить дополнительные параметры или изменить их, в разделе «Сотрудники/Зарплата» выберите организацию, нажмите 
и перейдите в «Учет и параметры».
Настройте:
- дату начала работы, СНО, ставки страховых взносов, тариф по травматизму и другое — в разделе «Расчет»;
- условия для выплаты зарплаты и аванса, округления их сумм, банки для выдачи — в разделе «Выплаты»;
- расчет отпускных с переходящим периодом, формирование резерва — в разделе «Отпуска»;
- территориальные условия, участие в проекте ФСС «Прямые выплаты» и детализацию расчетного листка — в разделе «Особые условия»;
- ответственные поздразделения по уплате НДФЛ — в разделе «Отчетность».
- В разделе «Расчет» установите дату, с которой начинаете вести учет зарплаты в СБИС. С этой даты будет формироваться задолженность перед сотрудниками.
- Укажите систему налогообложения или добавьте несколько при совмещении режимов, если вы только начинаете вести учет в СБИС. Кликните
. 
Если вы уже вели учет в СБИС и хотите изменить СНО в связи с переходом на другой режим, в строке «Изменить систему с» укажите дату начала применения новой СНО.
- Измените условия для расчета страховых взносов. Ставки зависят от основного вида экономической деятельности организации и от условий, определенных НК РФ (Ст.427 НК РФ). Если компания:
- применяет пониженные тарифы — нажмите текущие настройки страховых взносов, кликните «Обычные» и выберите категорию.
- не применяет льгот, но входит в реестр субъектов малого и среднего предпринимательства — настройте пониженные ставки.
- Укажите тариф по травматизму. Его ежегодно устанавливает ФСС в зависимости от основного вида экономической деятельности работодателя.
Eсли ваша организация имеет право на льготу по взносам на травматизм в размере 60% для всех своих сотрудников, выберите ее при настройке тарифа (ст. 2 № 179-ФЗ от 22.12.2005, ст. 1 № 413-ФЗ от 21.12.2021).
Чтобы применить другой тариф по травматизму с определенного периода, кликните
и нажмите 
; 
- Укажите, как рассчитывать зарплату за не полностью отработанный месяц: согласно отработанным дням или часам. Вы сможете изменить эту настройку по одному или нескольким сотрудникам.
- Выберите, как рассчитывать зарплату на сменном графике, если оклад начисляется за месяц:
- из графика — фактически отработанные часы умножаются на стоимость часа;
- из плана смен — сотруднику выплачивается оклад вне зависимости от количества отработанных часов в месяц.
- При суммированном учете рабочего времени настройте расчет зарплаты.
- Нажмите «Применить».
При загрузке данных о зарплате из отчетов дата начала работы установится автоматически. Начисления до этой даты будут загружены из отчетности, а после — рассчитаются в СБИС.
Если вы повторяете обороты по зарплате вручную или из 1С, то до этой даты рассчитается только оклад, а после — все постоянные надбавки, в том числе северные и районные, больничные и отпуска, которые вы добавили в СБИС.
и добавьте новые настройки страховых взносов; 
Чтобы изменить ставку с определенного периода, если организация перестала применять пониженный тариф — нажмите и добавьте новые настройки страховых взносов с нужной даты.
Если организация уже вела учет в СБИС, то после изменения ставок страховых взносов выполните перерасчет зарплаты.
Если требуется изменить условия по сотруднику, создайте документ «Изменение оплаты труда».
- Установите даты выплаты зарплаты и аванса. Дата аванса относится к текущему месяцу, а зарплаты — к следующему.
- Для филиалов и подразделений можно выбрать другой порядок выплат. Для этого нажмите «Подразделения с иными сроками выплат» и укажите значения.
- Выберите способ расчета аванса или установите фиксированную сумму в карточках сотрудников.
- Установите, с какой точностью будет округляться сумма в ведомости на выдачу зарплаты.
- В строке «Досрочный аванс» укажите, разрешен ли сотрудникам досрочный запрос выплат.
- Добавьте банк, если организация участвует в зарплатном проекте.
- Нажмите «Применить».
Также вы можете настроить выплату зарплаты последним рабочим днем месяца или текущей датой. Для этого нажмите «числа» и выберите нужный вариант.
- В разделе «Отпуска» укажите, как рассчитывать средний заработок для отпусков, которые затрагивают несколько рабочих периодов: для каждого периода или только за один.
- Для создания резервов по отпускам включите их формирование.
- Определите условия оформления отпусков для сотрудников, у которых есть личный кабинет СБИС:
- установите переключатель
, чтобы предоставить возможность сотрудникам самостоятельно оформить отпуск; - укажите период, в течение которого необходимо оформить отпуск;
- добавьте документ, который можно или нужно загрузить для получения отпуска.
- Укажите дополнительные отпуска по коллективному договору вашей организации: выберите вид отпуска или создайте свой.
- Нажмите «Применить».
Если вы начинаете вести учет в СБИС и вносите оставшиеся дни отпуска всех сотрудников, оформите корректировку отпуска.
- Настройте применение районных коэффициентов и процентных надбавок к заработной плате (ст. 316, 317 ТК РФ). Для этого установите:
- территориальные условия;
- максимальный размер северной надбавки;
- местный и федеральный районные коэффициенты. Они могут различаться. Федеральный коэффициент используется при расчете больничного из МРОТ, региональный — при расчете зарплаты. Заполните оба поля, даже если коэффициенты одинаковые.
- Укажите количество дополнительных дней отпуска, которые полагаются всем сотрудникам организации, и нажмите . Настроить их для конкретного сотрудника можно в его карточке.
- Чтобы указать особые условия для филиала, который находится в другом регионе, нажмите «Подразделения с другими территориальными условиями».
Если условия для филиала не указаны, при расчете будут использованы данные головной организации.
- Указать северную надбавку сотруднику с учетом стажа вы можете из карточки сотрудника или документа приема на работу.
- Укажите дату присоединения к проекту ФСС «Прямые выплаты».
Проект применяется ко всей организации вместе с ее обособленными подразделениями, независимо от того, в каком регионе они находятся.
- Задайте параметры печати расчетного листка.
- Нажмите «Применить».
После выбора территориальных условий вы сможете посмотреть размер надбавки по регионам. Для этого нажмите 
.
Если в вашей организации есть обособленные подразделения (ОП), которые находятся на территории одного муниципального образования, то уплачивать НДФЛ можно:
- по месту нахождения одного из ОП — если головная организация расположена в другом муниципалитете;
- по месту нахождения одного из ОП или по месту нахождения организации — если головная компания находится в том же муниципалитете (п. 7 ст. 226 НК РФ).
- Нажмите и выберите ответственное подразделение.
- Выберите подразделение, за которое будет производиться уплата налога.
- Сохраните данные.
Параметры направления сдачи изменятся и в карточке головной организации или подразделения в разделе «Сдача отчетности». И наоборот, если ответственные подразделения настроены в карточке организации, то они отобразятся и в настройках зарплаты.
Если вы выбрали ответственное подразделение (ОП или головную организацию), то можете перечислять налог одним платежным поручением с указанием ОКТМО этого лица.
Чтобы посмотреть, кто и когда вносил изменения в настройки зарплаты, нажмите 
.